Onze planeet bevat meer dan 1030 (een één met dertig nullen) micro-organismen. Omdat ze een sleutelrol spelen in alle natuurlijke cycli zou zonder deze micro-organismen geen leven mogelijk zijn. In natuurlijke ecosystemen zoals bijvoorbeeld kringlopen van voedingsstoffen, ruimen zij verontreinigingen in bodem en water op, beïnvloeden zij de groei, ontwikkeling en gezondheid van hun gastheren en leggen zij zonne-energie vast. Micro-organismen bepalen zo voor een belangrijk deel hoe organismen functioneren en of ze gezond blijven of ziek worden. Nuttige micro-organismen worden sinds mensenheugenis ingezet voor plantaardige en dierlijke productieprocessen en meer recent voor het opruimen van verontreinigingen en de productie van duurzame chemicaliën en materialen uit plantenafval of direct vanuit zonlicht. Dit laatste valt onder de noemer biobased economy. De meerderheid van de micro-organismen op deze planeet is echter nog niet in kaart gebracht. De vraag is hoe micro-organismen ecosystemen beïnvloeden, variërend van het veroorzaken van ziekten tot het beschermen tegen diverse stressfactoren zoals infecties en droogte, verandering van gedrag en uitwisselen van erfelijk materiaal. Inzicht hierin is van groot belang voor het voorspellen van het gedrag van ecosystemen en de duurzame toepassing van nuttige micro-organismen.